L'edificio molto singolare con forma a pianta quadrata, con due chiese indipendenti di cui una interrata, la cripta, due absidi a vista poste sulle pareti sud e est, un portale monumentale rivolto ad ovest verso la strada che entra in Manfredonia, databile per le sue caratteristiche all'età medievale. La piccola campanella è stata posta nel Settecento, mentre al centro della facciata era visibile lo stemma arcivescovile dell'arcivescovo di Manfredonia Domenico Ginnasi (1586-1607) che restaurò l'edificio. L'interno della chiesa è databile all'XI secolo. La chiesa è un gioiello dell'arte romanico pugliese, pur mostrando influenze islamiche e armene.

 

Nel marzo 2016 è stata inaugurata l'opera d'arte intitolata "Dove l'arte ricostruisce il tempo" dell'artista Edoardo Tresoldi. Una ricostruzione dell'antica basilica paleocristiana, alta 14 metri e pesante 7 tonnellate, fa parte di un intervento complessivo di modernizzazione del sito archeologico di 3,5 milioni di euro di fondi pubblici. Il sito archeologico a seguito dell'intervento ha registrato un sostanziale incremento di visitatori. A riprova dell'interesse per questa installazione, una mostra dal titolo La Basilica di Siponto di Edoardo Tresoldi. Un racconto tra Rovine, Paesaggio e Luce, comprendente bozzetti, riproduzioni fotografiche e video è stata esposta a Forlì presso la Fondazione Dino Zoli dall'ottobre 2018 al gennaio 2019.

 

La prima data documentata è quella del 1117, quando la chiesa venne solennemente consacrata e ci fu la reposizione delle reliquie di san Lorenzo Maiorano sotto l'altare maggiore; si pensa che in quell'anno sia avvenuto il passaggio di consegne tra la nuova chiesa (questa) e la vecchia basilica paleocristiana (già basilica pagana), ridotta oggi a soli ruderi di interesse archeologico. La chiesa superiore sorgeva su quella inferiore, databile all'alto medioevo, costruita con i ruderi della vecchia caduta dopo un terremoto.

 

Per secoli è stata custodita l'icona di Maria Santissima di Siponto, databile all'VIII secolo e custodita attualmente nella cattedrale di Manfredonia per questioni di sicurezza; come anche la statua lignea detta la Sipontina o Madonna dagli occhi sbarrati del VI secolo, in legno policromo di carrubo d'origine bizantina, che fu la prima Madonna che si venerò a Siponto.